Los centros ecoturísticos se encuentran, en la mayoría de los casos, dentro o en la vecindad de reservas ecológicas hogar de miles de especies vegetales y animales.
La presencia de estos centros y de otras comunidades y asentamientos es un factor externo que impacta directamente en el funcionamiento del ecosistema.
Como responsables de la conservación del medio ambiente, debemos identificar amenazas y grados de presión sobre especies nativas, tanto vegetales como animales, relacionadas con actividades de ecoturismo.
Se debe de respetar la capacidad de carga del lugar y evitar perturbar a la vida silvestre. Para lograrlo, es necesario contar con un inventario de especies, un registro de presencia de flora y fauna local, así como de posibles especies invasoras a través de registro de avistamientos.
Así mismo, debemos evitar extraer o modificar la flora y fauna silvestre y evitar la introducción de especies exóticas al entorno.